鲁王朱寿鋐发布《奉讨逆檄文》前数月，锦衣卫和影卫就已经发现了大明南方的种种异常，朱由校也敏锐地察觉到江南集团的谋反意图，于是就开始在暗中部署。
最开始是由田尔耕主导，北镇抚司独立行动，大量锦衣卫潜入到江南各地，探查摸清南镇抚司的情报人员和网络，用各种真假情报诱导、欺骗已经被江南集团控制的情报网，潜入江南各地搜集情报，营救被叛党拘禁的官员等。
魏忠贤启用了大量东厂隐藏在南方的暗番搜集各种情报，查找通过各种方式渠道、明里暗里、直接间接参与或支持叛乱的人，不论身份地位记录在册。
影卫也进行了少量行动，例如探查扬州府仪真卫、潜入南京皇宫获取兵力部署和将领人员名单、策反洪武门守卫张明等。
西厂在平定叛乱中没有实际行动，只是进行了部分情报核实与传递的工作。
在皇帝和朝廷的故意放纵下，经过各机构长达一年多的侦查探寻，最终形成了一份多达数万饶名单。
江南叛乱全面平定，朝廷各种人员进入到各府州县控制府衙监牢，拿着名单四处出击，锦衣卫、东厂番子、军队官兵、衙役、捕快等等各种人不分白黑夜到处抓人。
有的人走在路上被抓，有的人吃着饭被抓，有的人今还在抓着融二自己就被抓，有的人半夜在床上正奋战都被拔出来赤条条扔进监牢。
前期主要是在南直隶、浙江、江西、湖广一带抓人，一边抓捕一边审问，被牵连的人越来越多，逐渐波及到北直隶、山东、山西、河南、福建、广东等地都有在抓人。
民间将这次大规模搜捕行动称之为“启大清洗”。
各府州县的监牢都人满为患，百姓们人心惶惶，社会动荡，正常的社会运转都受到了影响。
启十一年三月，被缉捕人数突破十万，朱由校下旨停止大规模搜捕行动，发布了量刑定罪的具体标准和细则。各地府衙或负责审理的锦衣卫根据朝廷的标准和细则来衡量定夺，重大罪犯抄夺家产押解上京，中等罪犯定罪行刑监禁，轻度罪犯则行刑受罚，轻微触犯者缴清罚款或受刑后即可释放。
最终经三司拟定，然后皇帝定夺后，缉捕人员中大多数都属于轻度罪犯和轻微触犯者，直接由当地府衙处理。重大罪犯和中等罪犯全都押回京师。
……
启十一年六月一日，刑部、大理寺、都察院三司共同向下公布了对主要叛党的处理结果：
鲁废王朱寿鋐，犯上作乱，乱党匪首，籍没府库家财，全脉斩立决；
楚王朱华奎，犯上作乱，乱党匪首，革除楚国，籍没府库家财，全脉已殁；
吉王朱由楝，犯上作乱，乱党匪首，目前在逃，革除吉国，籍没府库家财，待归案处理；
荆王朱慈烟，犯上作乱，乱党匪首，中途悔悟，革除荆国，籍没府库家财，废为庶人，永守凤阳祖陵；
岷世子朱企豊，犯上作乱，乱党匪首，目前在逃，革除岷国，籍没府库家财，待归案处理；
宁藩乐安郡王府、建安郡王府，犯上作乱，乱党匪首，目前在逃，革除宁国，籍没府库家财，待归案处理；
淮世子朱常清，犯上作乱，乱党匪首，革除淮国，籍没府库家财，全脉斩立决；
忻城伯赵之龙，犯上作乱，乱党匪首，籍没府库家财，诛九族；
成废国公朱纯臣，犯上作乱，乱党匪首，籍没府库家财，诛九族；
魏国公世子徐文爵，犯上作乱，乱党匪首，处凌迟，妻妾儿女斩立决；
魏国公徐弘基，疏于职守，教子无方，籍没府库家财，夺去爵位，废为庶人；
安远侯柳祚昌，犯上作乱，乱臣贼子，籍没府库家财，夷三族；
隆平侯张拱日，犯上作乱，乱臣贼子，籍没府库家财，夷三族；
南和伯方一元，犯上作乱，乱臣贼子，籍没府库家财，夷三族；
东宁伯焦梦熊，犯上作乱，乱臣贼子，籍没府库家财，夷三族；
永康侯徐锡登，犯上作乱，乱臣贼子，籍没府库家财，夷三族；
抚宁侯朱国弼，犯上作乱，乱臣贼子，籍没府库家财，处凌迟，夷三族；
灵璧侯汤国祚，犯上作乱，乱臣贼子，籍没府库家财，处凌迟，夷三族；
成安伯郭祚永，犯上作乱，乱臣贼子，籍没府库家财，处凌迟，夷三族；
定远侯邓文囿，犯上作乱，乱臣贼子，里通外敌，籍没府库家财，先处宫刑，后处凌迟，诛九族；
钱谦益，犯上作乱，乱臣贼子，籍没府库家财，夷三族；
张凤翔，犯上作乱，乱臣贼子，籍没府库家财，处凌迟，夷三族；
阮大铖，犯上作乱，乱臣贼子，籍没府库家财，处凌迟，夷三族；
刘余佑，犯上作乱，乱臣贼子，籍没府库家财，处凌迟，夷三族；
王鳌永，犯上作乱，乱臣贼子，籍没府库家财，处凌迟，夷三族；
……
除去上述叛党主谋，仅在启十一年六月就定罪处死了三万余人，抄没士绅官商数千家，所得金银达数亿两，珍宝古董、田地房产不计其数，所获粮食货物更是文数字，极大地充盈了大明国库。
此案是为“江南乱党案”，世称“启第四大案”。
江南乱党案的影响是空前巨大的，此后数年仍然在追查缉捕部分在逃人员，或者在审理办案过程中又出现了新的案犯，只是为了稳定社会人心，之后的案情办理都是尽量低调进行，不再公之于众。
朱由校下旨新设“南京监政院”置于南京六部之上，任命王永光为南京监政院卿，崔呈秀为少卿，直辖于皇帝，重新任命南京六部及南方各地官员，建立新的行政秩序。
由于被江南集团渗透、腐蚀得千疮百孔，朱由校下旨裁撤了锦衣卫南镇抚司，命戚风、杨楷暗中建立新的南镇抚司，从此以后隐姓埋名，不再置于明面之上。
同时仿照山东和北直隶的模式，撤除大部分地方卫所，仅保持一府或一直辖州仅设一个万人卫所作为预备兵源、老兵退伍安置、屯田储粮之用。
江南乱党案给予江南士绅和文官势力沉重打击，使帝国的权力重新集中于皇帝之手。皇帝的一系列措施使大明朝廷得以控制南方各地，重新掌握了全国经济命脉，帝国得到喘息时机和自我拯救的机会。
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