终末螺旋逆转后的宇宙，在千疮百孔中艰难喘息，却仍未能摆脱混沌的阴影。以「能量守恒」为根基的「恒源宇宙」里，维持星系运转的巨型能量矩阵突然开始逆向运行，恒星的光芒被暗紫色的熵寂雾霭吞噬，行星的核心能源急速流失，化作漂浮在宇宙中的冰冷残骸。能源工程师们惊恐地发现，矩阵核心竟长出暗紫色晶体，将吸收的能量转化为加速宇宙熵增的腐蚀力。
「梦境织造宇宙」同样陷入绝境。梦境河流被暗紫色的噩梦淤泥堵塞，美好的梦境被扭曲成吞噬意识的深渊。织梦师们的银梭沾染混沌之力，编织出的不再是希望图景，而是将人困在永恒恐惧中的牢笼。现实世界里，大量居民陷入深度昏迷，他们的意识被困在噩梦循环中，身体逐渐干瘪，沦为承载混沌的躯壳。
文明联媚量子监测网在频繁过载中濒临报废，最后的监测画面显示：宇宙各处残留的暗紫色能量正在进懈熵化共鸣」，它们以一种超越时空的方式连接，在宇宙深处构建出一个巨大的「熵寂引擎」。不完美之种最后的意识残片闪烁着微弱光芒，传递出最后的讯息：「熵寂终章...一切归于虚无...」
雷恩召集残存的觉醒者，启动「逆熵方舟」计划。但经历多次大战后，资源与人力已极度匮乏。能源专家艾琳带领团队奔赴恒源宇宙，他们驾驶着改装后的「熵减号」飞船，携带能中和暗紫色晶体的「秩序催化弹」。然而在靠近能量矩阵时，遭遇了由熵增能量凝聚而成的「熵骸守卫」，这些守卫能将任何能量攻击转化为加速熵增的力量，飞船的防御系统在攻击下迅速崩溃。
梦境守护者莱昂率领队深入梦境织造宇宙，试图净化被污染的梦境河流。他们携带的「心光罗盘」能指引纯净梦境的方向，却在逆流而上时，不断遭遇噩梦具象化的怪物。其中最可怕的「梦魇巨鳄」，能将触碰到的一切卷入无尽的黑暗梦境。莱昂发现，唯有收集散落在梦境废墟中的「希望萤火」，才能削弱怪物的力量。
雷恩亲自带领精锐部队，前往熵寂引擎的所在地——一片被称为「混沌坟场」的死寂星域。这里漂浮着无数文明的残骸，暗紫色的能量如同潮水般涌动，熵寂引擎巨大的轮廓在能量漩涡中若隐若现。混沌原始意志的残识再次凝聚，她的形态与熵寂引擎融为一体，发出冰冷的笑声：「雷恩，熵寂是所有文明的宿命，你们的挣扎不过是在谱写最后的挽歌！」
恒源宇宙中，艾琳的团队在能量矩阵外围发现了暗紫色晶体的能量传输节点。他们冒险启动「秩序催化弹」，却引发晶体的剧烈反噬。关键时刻，一名队员牺牲自己，用身体堵住能量暴走的缺口，为清除晶体争取了时间。最终，能量矩阵的熵化趋势被暂时遏制，但矩阵核心已布满裂痕。
梦境织造宇宙里，莱昂的队历经艰难险阻，收集到足够的希望萤火。他们将萤火注入心光罗盘，发动「万梦归一净化术」。金色的光芒驱散了噩梦淤泥，被困在梦境中的居民陆续苏醒。但在清理最后一片噩梦区域时，梦魇巨鳄突然暴走，张开血盆大口欲将整个宇宙的梦境吞噬。
雷恩在混沌坟场与混沌意志展开生死对决，他挥动存在之剑，每一次攻击都被熵寂引擎吸收转化。千钧一发之际，他引导全宇宙文明对生命的眷恋与对希望的执着，凝聚成「生机洪流」。当洪流冲击熵寂引擎时，整个宇宙产生剧烈震颤，引擎表面出现裂痕。混沌意志疯狂地启动引擎的自毁程序，试图与宇宙同归于尽。
雷恩拼尽最后的力量，以平衡印记为引，构建出「永恒守护结界」。在结界的保护下，熵寂引擎的爆炸余波被挡在宇宙之外。但战斗结束后，觉醒者们发现，宇宙中仍残留着大量暗紫色的熵化因子。雷恩望着伤痕累累的宇宙，深知熵寂的威胁从未真正解除。他下令在全宇宙建立「熵值监测站」，并着手培养新一代守护者。而在宇宙的暗处，那些未被清除的熵化因子正在悄然聚集，等待着下一次将文明拖入永恒黑暗的机会。
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