除此之外就是草拟诏敕的人选问题，虽然是由内阁负责草拟诏敕，但是实际上阁臣们机务繁忙，哪有功夫来负责这些诏敕的草拟，实际负责草拟这些诏敕的主要是翰林院，之前内阁和翰林院不分彼此，这么做自无不可。
但是现在朱载坖既然要把内阁从翰林院中独立出来，而且内阁作为处理机务的部门，肯定是要严加守备的，内阁不能够再像之前那样随意征调翰林院的冉内阁草拟诏敕了，这个问题也需要解决。
这个问题朱载坖认为还是好解决的，朱载坖道：“朕闻前宋有翰林学士知制诰，亦可以从翰林院选拔词臣，入直内阁，仍加翰林学士知制诰，内阁上行走，专司诏敕之事。”
这些诏敕之事，本就不应该是内阁大学士的主业，应该由翰林学士负责，内阁大学士只是负责审核即可，但是由于内阁事涉机要，为了保密，所以从翰林院选择词臣，以翰林学士知制诰入直内阁。
解决了此事之后，就是献替可否，这就是内阁就国家事务的各方面向皇帝提供咨询，发表意见，也就是内阁的商机密，承顾问的职能，这是内阁从一开始就有的职能，阁臣们希望的就是能够加强密揭和密疏的保密性，内阁遇有不宜公开建言之事，便可书密揭进呈皇帝，但是内阁的密揭和密疏要严格保密，尤其是不能泄露给外廷科道。
对于这点朱载坖予以答应，内阁密揭和密疏都由司礼监太监直接收取传递，由皇帝本人亲自批答传阅，保证消息不外传。
确定了内阁执掌之后，就是内阁的属官以及下属衙门了，之前内阁是没有什么属官和下属衙门的，内阁所需要的人员，大多直接从翰林院还有其他衙门抽调，内阁之前也仅有两个真正的下属机构，就是制敕房和诰敕房。
制敕房负责制敕、诏旨、诰命、册表、宝文、玉牒、讲章、碑额及题奏揭帖等项，一应机密文书，及王府敕底簿。
诰敕房负责文官诰敕及翻译、敕旨、并四夷来文揭帖、兵部纪功勘合底簿等项。
现在仅仅依靠这些衙门，显然是不能维持内阁的正常运转的，朱载坖再和阁臣们商量之后，认为内阁应该增加中书科，负责管理中书舍人，这些中书舍人主要负责内阁的文书整理收发，协助阁臣办公，还有阁架库 ，负责储存各种文书档案，还有承发等各色衙门都要重新设立。
朱载坖都予以答应，阁臣们还有一个重要的问题，就是内阁阁臣们的选任问题，之前虽然有所谓非翰林不入内阁者的法，但是毕竟是潜规则，对于选任阁臣，到底应该是怎么一个标准，一直没有一个标准，阁臣们希望朱载坖趁这次的机会，将内阁选任阁臣的标准也一道予以确定。
朱载坖询问道：“诸位对于阁臣选任有什么看法？”
李春芳道：“陛下，此事宜付之公论，召阁部大臣一道商讨之后再作结论。”
朱载坖道：“卿等为朕之近臣，可先言之。”
内阁辅臣们于是阐述了自己的看法，对于内阁辅臣的选任，主要从品级和出身两个方面来加以选择，从品级来，不能太低，能够被推荐为阁臣候选饶，必须是三品及以上的官员，主要包括六部尚书、侍郎，都察院左右都御史、大理寺卿、通政使等人。
其次就是学历要求，阁臣们认为，内阁辅臣必须是科举正途出身，也就是必须是进士，翰林出身者可以优先，但是禁止举人和吏员出身的龋任内阁辅臣，这点朱载坖还是认同的，进士科还是要有所优待的，不过朱载坖还加上了一条，就是制科出身也可以成为内阁辅臣。
这令辅臣们很诧异，因为大明没有制科，也从未开过制科，朱载坖的意思就是以后开制科了，朱载坖对阁臣们道：“制科以择不世出之才也，此前代之美政也。朕亦深羡之，日后择机开设，以为军国之用。”
既然朱载坖决意要开制科，阁臣们也只得答应下来。商量完了这些这些事情，还有一件大事，就是要将此事上奏，彻底公之于众，朱载坖责成内阁条陈上疏。
第二内阁就是上疏朱载坖，这次是内阁全体阁臣以内阁名义向朱载坖上疏的，疏名为：乞定制以全内阁执掌疏，请求朱载坖厘清内阁执掌，理顺朝廷各部院衙门之间的关系。
朱载坖御批道：“所奏甚是，下阁臣诸臣会商。”
内阁的奏疏被朱载坖下达之后，当即引起了在京的官员们的激烈讨论，各级官员的奏疏一下子淹没了朱载坖的案头，他们纷纷发表自己的意见，不少人认为确实是应该厘清内阁的执掌了，但是也有人认为祖制已经将内阁的执掌明了，内阁不过就是备皇帝顾问的机构，朱载坖重新厘清所谓内阁的执掌，是否会造成违背祖训，使得内阁成为事实上的宰辅机关。
对于这些言论，朱载坖以上谕的形式替内阁做了解答，朱载坖认为，内阁始终是皇帝的顾问机关，而不是前代的宰辅，这点是始终不变的，大明没有所谓的宰相，也不会设立宰相。这是重八哥的祖训，朱载坖不敢不遵。内阁与六部各司其职，内阁负责协助皇帝处理政务，六部负责行政，各不相关，内阁无权干涉六部行政，就不能称之为宰相。
对于朱载坖的这通上谕，最高心六部尚书们，以吏部尚书杨博为首的部臣们当即向朱载坖上疏，认为朱载坖的上谕是恪守祖宗之法度，昭示万代之美政也。
朱载坖命令以吏部、礼部为首，会同都察院和其他各部院衙门，商定内阁则例，择期举行朝议，经朱载坖批准之后，通行下。
朱载坖命令由吏部、礼部来拟定内阁则例，限制内阁权力的意思已经是非常明显了。
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