朱载坖命令在太祖皇帝南北更调的基础上予以损益，同时加强对于风宪、学政官员的回避措施，还有严密籍贯回避，不仅仅是官员的本贯，还有寄籍地等都要予以回避，同时从职务回避、亲属回避、籍贯回避和特殊回避等几个方面制定相关的则例，经过廷议之后予以施校
而针对于现在越来越激烈的官吏冲突，朱载坖认为朝廷也必须加以控制了，官吏内斗，会使得朝廷的行政效率降低，对于大明现在的官吏关系，就存在了三种，第一就是官强吏弱，第二就是官弱吏强，第三就是官吏沆瀣一气。
从朝廷法令上来看，官员对于吏员是占据绝对优势的，尤其是正印官对于吏员，可以是有着生杀予夺的大权，这点是朝廷通过法令赋予的，官吏在地位上是极不平等的，这点从大明一立国就是如此，因为太祖皇帝和李善长、刘基等重臣总结元灭亡的教训时，很重要的一条就是在元朝吏员在整个仕途中占据着十分重要的位置，人人争而求之，各级吏员的为非作歹给国家带来严重的损害，成为元朝灭亡的重要推动力量。
所以大明吸取了前元的吸取奸胥害民的教训，对地方基层的胥吏采取系列严格的整治措施，在地方上给与正印官较大的自主权，从而给地方正印官欺压其辖地的胥吏提供了可能。
同时由于科举成为朝廷选官取士的主要途径，科举出身者在朝廷占据着绝对的优势，由吏升官尤其是三品以上的高官的难度越来越大。官与吏的分途可以是愈加明显，科举出身的士大夫对于胥吏在多数情况下可以是以奴仆使之，盗贼待之。而绝大多数的朝廷正印官都是科举出身，使得正途出身的官员对于杂途出身且仕途愈加无望的胥吏更是态度傲慢。
这就造成了官强吏弱，官员欺凌吏员的情况，但是于此相对应的就是官弱吏强，吏员把持州县，架空正印官的情形也不少见，主要的原因是按照朝廷规定，地方正印官主行政，各胥吏主事务，但是由于正印官实际的行政能力缺失，而地方的吏员所习却都是钱谷簿书这种与实际处理事务相关的能力，如此一来地方的权柄在很多时候都会落入胥吏之手，造成所谓的官弱吏强的局面。
同时大明公文的冗长乏味，也是造成吏员能够借机侵夺原本属于正印官的权力的重要原因，元朝吏员就是利用繁文缛牍欺压地方正印，虽然太祖多次要求减省公文，但是大明的各种公文也是极为繁复了，朱载坖对此是深有体会，能够明白当年太祖奏茹太素的心情了。
而在地方官府当中，面对这些又多又臭又长的公文，官员每日阅读审批也很难完成，但是官员除批阅公文之外还有许多事务需要处理，因此为节约时间和精力，官员的审批在很多时候都是根据胥吏提出的初步意见为依据，这就给予胥吏在公文上动手脚的好机会，毕竟来往公文又臭又长，官员不可能详细的审阅每一篇公文，于是胥吏借此在要紧的地方略为洗改，往往不会被正印官员发觉。
这点也是很多时候吏员借以生财的路子，尤其是在刑名上，官员怎么拟定最后的判词，往往看刑房书吏怎么写了，当事双方争相贿赂对象，朱载坖认为要对于公文格式予以重新拟定，务从简便，朱载坖想到了一个人，就是王世贞，他是复古派也就是唐宋派的代表人物，同时他更加推崇的是盛唐文风，而唐代公文简约，不似两宋的繁杂，朱载坖随即下旨，命令王世贞会同翰林院、六部、都察院、通政司等相关衙门，制定大明公文标准格式，取法于唐，务必简明扼要，将这些繁复的文字从公文中予以剔除。
当然，这些官吏也有第三种的形态，就是官吏沆瀣一气，很多时候胥吏总是采取各种办法或“摆平”官员、或教唆引诱正印官员、或暗设阴谋诡计诓骗官员，或耍弄手段掌握官员的短处、把柄进而欺蒙长官，在此种情形下，官员在多数情况下会在胥吏的各种层出不穷的教唆下迅速堕落下去，从而与他们相互勾结，狼狈为奸。之前官场风气败坏，甚至有公然：“做官只有两件。为国家干事，为自己营私，二者俱做不得，真是极痴极蠢人。”
对于这些情况，朱载坖认为要分门别类的予以处理，保证朝廷的正常运作，朱载坖命令都察院加强大计，对于地方官员的能力、德行全面考察任用，减省公文格式，历培训以增主官之识，同时加强佐贰官的权力，佐贰官既是制衡正印官权力，防止正印官欺压吏员的办法，同时也是增加官员权力，防止吏员架空官员的重要手段。
朱载坖正在处理这些事情，司礼监冯保来报，征南将军刘綎报捷，官军南北两路夹击，现在已经攻占顺化，生擒阮潢等人，攻灭阮氏，安南全境已经被大明所收复了，朱载坖对此此事还是很高心，朱载坖当即命令向太庙告捷，同时命令兵部等相关衙门议功，吏部等衙门在安南布政使司迅速派遣官员，将当地的政局稳定下来。
和交趾布政使司相比，安南布政使司的巩固难度要大很多，刘綎在随报捷露布而来的密疏中也坦陈，现在安南的这些州县，对于官军的抵抗力度仍旧很大，刘綎请求朝廷将官军暂时留镇安南，镇压这些反抗势力，朱载坖答应了刘綎的请求，但是要求刘綎将原属交趾镇和交趾都司的兵力还归本镇，朱载坖从两广给刘綎增加援兵，不能因为要镇压安南而放松对于交趾的震慑，交趾好不容易才稍微安定下来，必须要保证交趾的安定才行，因为朝廷刚刚在交趾大规模屯垦和种植甘蔗，糖业公司的成本还没收回来呢。
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