之后在廖立的帮助之下，关羽利用自己在军政两届的影响，做了一系列的安排。
对着这些安排，诸葛亮一开始并不知道，他认为现在关羽最多也就是跟他闹闹矛盾，自己将来只需向其解释一番，一切问题也不再成为问题。
所以，诸葛亮除了关羽所在的巴郡之外，在南方的三郡都调整了人事的任命，依旧是任命董和为犍为太守，伊籍为汉嘉太守，尹默为江阳太守，让原本身为建宁太守的孟获担任督邮，而不再遥领建宁太守之职，又以孟获之兄孟节为从事中郎，弟孟优为偏将军，以便安抚孟获，好在孟获由于对诸葛亮七擒七纵很服气，现在是带着部众前往成都投靠，对于诸葛亮的安排倒也没有什么，只是其妻祝融及弟孟优对此有些不满，私下着要收复故地，却被孟获喝斥住。
与此同时，诸葛亮还与秦宓长谈许久，做好了只要与关羽沟通成功，立刻派秦宓前往江东找孙权和谈的打算。
为此诸葛亮还专门给关羽写了一封信，在信中详细的明了他这样做的目的、可行性以及今后的打算，然而关羽看完之后却并没有回复一个字。
随后不久，诸葛亮被各处传来的消息所震动：益州东、南部毗邻孙权领地的那些文职太守全部被关羽率军赶走，然后换成了军中的将领：巴郡太守依旧是关羽兼任，犍为太守被换成了孟获，汉嘉太守是吴懿，江阳太守则是张翼。
孟获本来就对自己被任命为一个文职感到有些不满，只是由于诸葛亮的威望才不得不服从，现在突然被任命为犍为太守，并且遥领建宁都督，心中十分欢喜，高高兴心找到诸葛亮，感谢诸葛亮给他这样的职位（他以为自己的职位是诸葛亮任命的），准备上任。
与此同时，关羽大肆的招兵买马，训练士卒，并且命令各地驻守士兵进行屯田，准备长期与孙权的大军对峙，如果不是顾忌孙权所派遣的巴郡太守周瑜火计厉害，而己方的实力又有所不足，估计早就率军发起进攻了。
听闻消息的诸葛亮很是无奈，因为关羽在国内的威望实在是太高，他是从一开始就追随着刘备创业的人物，就连府内那些元老级的内政官员如糜竺、简雍、孙乾等人都与他交好，军中将士更是对他钦服，再加上有张飞的支持，自己根本无力与他相抗。【△网 .Ai qu xs.】
“本来以为主公已经对我绝对的信任，可是没想到竟是这么一副局面，我还是太年轻啊，再加上这一段时间以来，我的建议很难得到主公的采纳，故此我的威望实在是不够，尽管主公已经将世子托孤给我，而且还将内政完全委托给我，我却也无法获得众饶支持，如果上真的让我掌管蜀国军政外交，我纵然不能保证全复昔日的荣光，也能够保证这份基业在我有生之年不失，可是现在，主公，请恕亮无能，不能为主公继续效力了。”
诸葛亮深思了一晚上，知道自己不能再与关羽继续对立下去了，否则的话一旦蜀军内乱，灭亡的将会更快，只好向刘禅写了一封辞呈，辞去一身的职务，搬到蜀郡乡下隐居去了。
诸葛亮这一招叫做以退为进，本来是想着一旦自己离去，益州内部的秩序将会一片大乱，然而没有想到关羽听取廖立的建议，以廖立、张松、彭羕三人主持益州内政，竟然将益州治理的井井有条，尽管比不上诸葛亮在益州之时的大治，然而因为没有了纷争，现在反而比以前还要好一些。
这样一来，再也没有谁提出来要请诸葛亮复出了，纵然是诸葛亮的心腹杨仪、蒋琬等人，现在也都只好暂时忍气吞声，不敢有所表示。
诸葛亮听闻消息，心中更加疑惑，因为所有的事情他都没有预料准确，自己之前可从来没有遇到过这样的情况，而这也只能明一点，对方的背后一定有高人相助，而这高人绝不仅仅是廖立这个层次的人，一定是当世的顶尖智者。
然而当世的顶尖智者屈指可数，除了自己以及江东的周瑜和陆逊之外，其他人都在刘和的阵营之中，所以廖立背后的高手究竟是谁，现在已经不言而喻了。
“难道廖立会是刘和派来的内奸？如果真是这样的话，那可真是太可怕了！”诸葛亮细思惊恐，不寒而栗，然而现在查无实证，就算想要揭露，也根本不可能，只能沉下心来，暗暗联络过去的那些心腹，让他们心调查廖立，搜集其证据。
尽管诸葛亮不想，可是他致誓消息还是传遍了下，让他啼笑皆非的是，他很快就收到了曹操和孙权的来信，两封信都很客气，同时也都很诚挚的邀请诸葛亮到他们麾下去效力，甚至在孙权的来信中还附有诸葛亮的兄长诸葛瑾的一封亲笔信，劝诸葛亮到江东去。
诸葛亮见这两封信只是淡淡一笑，然后就放在一边不再理会，虽然他现在在益州几乎都混不下去了，然而却也不愿意到其他地方出仕，当初刘备对自己举国托付，这份恩情让他十分感动，恨不能以死相报，所以，虽然自己现在失势，他还盼着将来有一关羽支撑不下去的时候，他会再度出山，以自己全部的精力为国效力，以报答刘备的恩德，至于让他转仕曹操或孙权的门下，再去算计他原来的势力，这是他绝对不愿意去做的。
“虽然我现在失势，可是却也有自己的坚持，主公对我有知遇之恩，这份恩情我定要以死相报，这种决心绝不会因为自己的得失而有任何的改变！既然现在致仕在家，我正好乘机多读一些书，修身养性，磨砺自己，圆满自己，相信下一次复出，一定会有一个全新的自我！”
诸葛亮从此之后闭门读书，不问世事，当然，这种不问世事其实也只是表面上的，因为他还在关注着下大势，关注着各方的反应，尤其是孙权和刘和对他致誓反应，他相信自己致仕，一定会引起下大势的新变动。。
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